A.残業代の計算方法は、法律で定められた方法で行います。（労基法施行規則19条）
ですので、会社で任意に定めた計算方法で行うことはできません。
参考：欠勤控除や日割支給については、特段法律の定めはありませんので、合理的な範囲内で会社で定めた計算方法により行うことができます。
労働基準法上、原則として1日8時間、週40時間までしか労働させることは出来ません。
（変形労働時間制やみなし労働時間制を採用しない場合。）
それを超えて労働させる場合は、労使協定（いわゆる36協定・労基法36条）で締結した時間内で労働させることが出来ますが、その場合1日8時間超および週40時間超の労働時間は、法定残業時間となりペナルティとしての25％以上の割増を付けた125％以上の残業代を支払うことが必要です。（労基法37条）
※月60時間超の時間の割増率について（労基法37条1項但書）
月60時間超の法定時間外残業については、50％以上の割増率をつけた支払が必要です。
ただし、中小企業については当分の間、猶予となっています。（労基法138条）
残業代の計算方法について、特に月給制の場合のご質問が多く寄せられます。
月給制の場合の計算方法は次の通りです。
1年間の所定勤務日数（365日－年間所定休日）× 1日の所定労働時間 ÷ 12か月＝1年間における1か月の平均所定労働時間（A)
月給（基本給＋手当※） ÷ A（1年間における1か月の平均所定労働時間）＝1時間当たりの賃金（B）
Bを基礎として、割増率を掛けて残業単価を計算します。
※次のaとbの手当は除いて計算できます。
a 通勤手当、住宅手当、家族手当、子女手当
⇒一律支給の場合は計算の基礎に含めます。
特に住宅手当のあたりは基礎に含めるかどうか迷うところです。
迷う場合は労働基準監督署または専門家に相談しましょう。
b 臨時の手当、別居手当
